查理五世在1516年即位后，开始管辖尼德兰，即荷兰、比利时、卢森堡和法国东北部。尼德兰地理位置优越，土地肥沃。资本主义早在14世纪就萌芽了，16世纪经济发展迅速，商贸发达。然而，尼德兰的历史渊源、文化、宗教信仰、法律和传统习惯有很大的不同，经济发展水平也有所不同。这些地区的人对查理五世统治非常不满。欧洲宗教改革运动后，马丁·路德、卡尔文等教派传入尼德兰，掀起了以贵族和平民为主力的反对查理五世封建专制的浪潮。
施马尔卡尔登联盟成立于1531年，抵制查理五世独裁统治。施马尔卡尔登联盟由1万步兵和2000骑士组成，1532年与法国结盟，1538年与丹麦结盟。虽然施马尔卡尔登联盟没有向以查理五世为代表的哈布斯堡王朝公开宣战，但它全力支持马丁·在路德的宗教革命中，他们没收了教土和财产，驱逐了主教和天主教诸侯。查理五世于1544年与法兰西休战，双方结盟，并得到保罗三世教皇的支持，集结军队，开始镇压尼德兰革命。施马尔卡尔登联盟的内部纠纷为查理五世的反击提供了良好的机会。查理五世的军队于1547年4月24日在米尔贝格战役中击败了施马尔卡尔登联盟。但施马尔卡尔登联盟并不愿意失败，继续扩大与哈布斯堡王朝军作战的力量。
查理五世他在尼德兰的统治，查理五世督协助他管理尼德兰事务，以巩固他在尼德兰的统治，使尼德兰失去了过去的高度自治权。他还设立了统一尼德兰人民宗教信仰、控制和迫害异教徒的宗教法院。查理五世于1550年颁布了一项法令，藏匿和帮助异端同罪。人们把这个法令变成了血腥法令。查理五世还增加了尼德兰的税收，勒索了财富，西班牙国库年收入的一半来自尼德兰。查理五世尽最大努力实施扩张政策。为了支持巨额军费，政府增加了尼德兰的税收，进一步加剧了社会矛盾。当时查理五世无所畏惧，连教皇都感到不安，开始同情和支持施马尔卡尔登联盟的斗争。
1552年，查理五世的军队被打败，1555年查理五世通过施马尔卡尔登联盟缔结了《奥格斯堡和约》，承认尼德兰诸侯有权决定自己的宗教信仰，凡在1552年前被新教所没收和占有的土地和财产仍归属他们所有。但根据查理五世的法令，主教和僧侣改宗新教不再享受旧职和工资。在《奥格斯堡与约》签署后，许多尼德兰诸侯改宗新教。尼德兰人民的宗教革命取得了局部胜利，但哈布斯堡王朝并没有放弃对异教的迫害。
查理五世在1555年击败新教诸侯的最后努力失败后，开始淡出政府。鉴于他的领土过于分散，他土地分给了他的兄弟斐迪南和他的儿子腓力。其中，他把自己的个人帝国西班牙和低地国家给了儿子腓力二世。
腓力二世自1566年以来面临的主要问题是尼德兰。这是宗教、思想意识和民族矛盾交织在一起的复杂问题，也是查理五世遗留下来的棘手问题。1559年，在腓力二世离开荷兰来西班牙之前，他将政权交给了查理五世的私生女和帕尔马公爵玛加丽塔。为此，他还成立了以格拉维拉红衣主教为首的委员会辅助政策。在格拉维拉红衣主教的纵容下，玛加丽塔总督利用宗教法院继续镇压新教改革，迫害新教徒。新教徒组织与玛加丽塔政权发起武装斗争。以奥兰治国王奥兰治的威廉和埃格蒙特伯爵为代表的贵族阶级支持加尔文新教派的宗教改革，不信任格拉维拉红衣主教，并要求腓力二世给他们更多的参政权。腓力二世被迫调离格拉维拉红衣主教，但也拒绝了尼德兰贵族的信仰自由等要求。当时尼德兰的教义改革取得了很大进展，腓力二世不想对新教徒提出的新教自由要求做出任何让步。为了消除加尔文教派和马丁·在路德教义的影响下，他命令在荷兰建立17个小基督教区，取代原来的三个教区，并用武力强行维持耶稣活动。1565年4月5日，奥兰治的威廉和埃格蒙特伯爵向玛加丽塔总督提出请愿书，要求废除血腥法令，取消宗教法院，允许信教自由。玛加丽塔总督被迫做出让步，但腓力二世态度强硬，拒绝了新教领袖的要求，并给这些新教徒起了花子的绰号。
在这种情况下，信徒采取了暴力行动。1566年8月中旬，在激烈派的领导下，人民群众发起了著名的破坏神像运动。其领导者是手工业者、平民和农民。随着体育运动的快速发展，10月份的起义浪潮几乎席卷了尼德兰的一半以上，17个省份影响了12个省份，参与者数万人。乞丐万岁的口号遍地都是，声势前所未有。尼德兰有5500座教堂和修道院被摧毁，开启了尼德兰革命的序幕。