文渊阁建成后，乾隆皇帝非常重视它。他看到四库呈现的《永乐大典》系列中有宋代程俱所写的《林台故事》一书。“三馆秘阁书以执政为主，有直秘阁、秘阁校理等官员，相当全面。”他立刻想到了正在编撰的《四库全书》和刚刚完成的文渊阁，因为他下令制定文渊阁的官方制作和未来的管理章程。下面有趣的历史小边为您带来详细的介绍，让我们来看看！
乾隆四十一年(1776年)六月，乾隆皇帝在命令中说:“方今搜集遗籍，汇为《四库全书》，每一张都录制进去，我亲自批评和纠正。文华殿后建文渊阁之，以充册府而昭文治，渊海飘香，蔚然称盛。虽然文渊阁国朝是大学士兼称，而不是职掌，但在过去没有其他地方。兹既崇构鼎新，琅函环列，必须设官兼掌，以副其实。适当适应宋制，设文渊阁领阁事总其成，其次是直阁事，同司典掌，其次是校理，分公司注册点验。
阁中的所有书籍都按时曝光。虽然是内府官员的责任，但是所有的职责都是内阁、翰林、詹衙门的责任。每个衔接应该设置几个员工，以及何官兼充，由大学士会同官部、翰林院定论，列名具奏，等我简单，这样每个职位都会成为一个定额，在未来会持续很长时间。"
因此，大学士舒赫德召集了官员部门和翰林学院的相关官员，详细讨论了文渊阁的官员制度和各项管理章程。鉴于“文渊阁是图书馆，经典丰富，特别严重”，在官方制度方面，舒赫德等部长提出参照宋代馆阁制度，“设置文渊馆馆两员，以大学士、协办大学士、翰林院学士、总司典掌。
文渊阁直阁事六员，包括科甲出身的内阁学士、内班出身的詹事、少詹事、(侍)读(侍)讲学士、汉詹事、少詹事、读讲学士等。文渊阁校理十六员，以满族儿子、(侍)读、(侍)讲、洗马、中(允)为背景。、赞(善)、编(修)、检查(讨论)、汉妃子、读、讲、洗马、中、赞、修编、编、检查，以及科甲出身的内阁侍、读等官兼充，分公司注册点检。
同时，内务府大臣兼充文渊阁提出阁事衔，管理日常“管钥开关等事”;“再设八名文渊阁检阅员，由领阁大臣在科甲出身的内阁书中选拔，既充实又充实，让他们在检查书籍时随意阅读，更加谨慎。”。
这个建议得到了乾隆皇帝的批准，文渊阁官制遂正式定为:“文渊阁领阁事二员由大学士、协办大学士、翰林院掌院学士填写；提出一员，由内务府大臣填写；直阁事六员由科甲内阁学士、满洲詹事、少詹事、读讲学士、汉詹事、少詹事、读讲学士填写；校理十六员，以妾子、侍读、侍讲、编修、检讨为基础；检阅八员，以内阁书为基础。”
当年7月，大学士舒赫德、于敏忠被任命为文渊阁领阁事，内阁学士刘勇、詹事金士松、陆费柱、陆锡熊、纪昀、朱贵等六人被任命为文渊阁直阁事；10月，翰林官员翁方纲等16人被任命为文渊阁校理。这些在四个仓库担任不同职务的朝廷重要官员和编辑成为第一个以原名担任文渊阁各种职务的官员。
乾隆四十六年(1781)年底，第一部《四库全书》结束，次年春入藏宫中文渊阁。乾隆皇帝作为第一部秘密入藏的《四库全书》，充分重视书籍的收藏和管理。
在书籍收藏方面，《四库全书》的纸张、装订和储存都非常讲究。纸张选用浙江上等开化榜纸，纸色洁白，质地坚韧，堪称上品。书籍的装订是用丝绸包装的，即书叶正折，使版心朝外。书叶的左右两侧都是背面的，用纸拧紧，然后用丝绸包裹书籍前后的书籍。
考虑到《四库全书》包含四部，卷烟丰富，为了便于识别和回顾，书籍装订采用了特殊的分色包装方法，即使用不同颜色的丝绸表面来区分经典、历史、子、收藏书籍。这是乾隆皇帝在诗歌中多次提到的“春、夏、秋、冬四色”的装饰方法，即“蓝丝、红丝、月白丝、灰黑丝”，以色分割一目了然。
乾隆皇帝有一首诗：“浩如担心它迷上了五种颜色，大纲分为四季。景成元标以青，史则亨哉赤等，儿子小秋收白也合适，集冬藏黑其位。”至于《四库全书总目》，因为“这是全书纲领，不便还是分四色装饰”，所以专门“用黄丝面页，符合中央土色，俾卷轴森严，益昭美备”。
为了便于使用和保存，还专门制作了精美的楠木书信。每几本书都放在一封信里，里面有夹板和丝带。书信的一端可以打开和关闭。书的一端楷书刻有书的名称、书的序列号、下属的部门和具体的书名，并装饰与书的下属部门和书的封面相同的颜色。如《尚书详解》一函六册，书面刻有“钦定四库全书”、“二百七函”、“经部”、“尚书详解”，字迹均为绿色。
书籍装函后，按部分顺序放入专门制作的书架，放置在亭子里。计经部书20套，每套48封，每套960封，分为下层两侧；历史部书33套，每套48封，每套1584封，藏在中间暗层；子部书22套，每套72封，每套1584封，放在上层；集书28套，每套72封，每套2006封，分布在上层两侧。一百零三架，六千一百四十四函，三万六千册。
为便于查找和阅读，还绘制了《四库全书排架图》，一并置其中，必要时按图顺序，循架取书，既方便又快捷。
为了表达对第一部抄入储阁的《四库全书》的重视，乾隆皇帝也特别允许在每本书的首页盖上“文渊阁宝”，最后一页盖上“乾隆皇家观光之宝”，从而开启了各阁《四库全书》印章的先例。后来复制的内廷各阁全书也因其阁名和成书时间而加盖了不同的印章，这不仅成为各阁四库全书的独特标志，也成为人们称之为“四库全书”时以阁名命名的依据。
随着《四库全书》的入藏，文渊阁的管理工作也被列入议事日程。上传下达领阁事务，总司其责；提出领阁事务直接管理一般事务，督促辖区内务府司员具体从事看守、收发、清理等杂务；直阁事务、校理、检阅人员每天轮流入值，负责书籍检查、检阅等事宜。
为了便于管理，朝廷还根据原章程，在上四院附近拨出了10多栋房屋，作为领事馆、提事馆大臣、校理、检阅等官员，以及内务府司员、笔帖等人值班的地方。
此后，直阁事的校理、检阅等官员“除内务府官员常川照顾外”，“每天轮派两人当值，陈入申出，率以为常。如有查书等事，即使当值校理经管，随时记录，以备查核。所有上架、启函、翻检、点阅等事项，仍由检阅各官会同内务府官员办理。还命令直阁事官不时赴值，公开照顾，俾宝文典”。凡遇当值，均由“官厨设菜同餐，下午乃散”。
除了日常入值，每年特定时期的书籍曝光也是管理工作的重点。原章程参照宋代秘书省每年仲夏曝书成例，定于每年五六月曝书。但全书储存后，考虑到当时宫内其他书籍每年三、六、九月干燥的实际情况，主管部长请将文渊阁的曝光书改为三、六、九月，以符合宫中的惯例。乾隆皇帝允许这一建议。因此，文渊阁每年曝光几次书籍，成为一件盛事。届时，各级官员齐聚一堂，领导阁事，提升阁事大臣，直接领导阁事、校理、检阅，下至内务府司员、笔帖等。“把插架上的书一个一个地请出来，交给校理各官登记档案，检阅各官一个一个地翻出来，也就是说，敬谨归入原信，以示谨慎”。
然而，在长期的管理过程中，由于文渊阁设立的各项官职分别由内阁、翰林院、内务府、奉晨园等衙门派员担任，久而久之，不可避免地会出现责任不明、相互争吵的现象。不仅司机平日收发等一般事务相互推诿，甚至每年曝光几次书籍也成了应对工作的问题。
这种情况直接影响到书籍的管理和保存。乾隆皇帝认为，“文渊阁提举阁事一员由内务府总部长兼充，其司员和守卫被清理干净的人都有自己的管辖权，呼应更多的精神”，并下令将阁事中的一切事务“提交阁事一人管理，其领阁、直阁、校理、检阅等官员作为兼充虚衔，无需办理阁事”。
至于每年曝光几次书籍的例子，乾隆皇帝也认为，“每本书都用木头装在储箱页上，不是纸背上的东西，本可以无虞蛀。而且卷烟浩瀚，暂时无法阅读，而且很多人抽看曝光，容易损坏，入箱时未能详细存放，其弊大于蛀虫。”他们下令“继承人必须谨慎珍惜，但不能暴露在阳光下。其地面上的一切，也不需要奉辰园经理。有人是普通的专业人士，而藏书则是完美的。因此，曝光书籍的工作被奉命停止，其他人不再参与阁事。阁中所有的书籍和应急事务均由内务府管理，文渊阁成为事实上的“禁地”。