1271年，元世祖忽必烈在灭亡金朝后，迫使朝鲜半岛成为大臣，并在大部分(北京)自满。他即位后不久就开始攻击日本。
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忽必烈对日本有明确的政治目的。首先，自唐朝最后一代派遣唐使以来，日本已经数百年没有通过中国了。如果日本向忽必烈屈服，将有助于增加元帝国的权威，巩固忽必烈的权力；第二，元帝国正在对南宋发动最后的进攻，日本是南宋的重要贸易伙伴。从切断外援的角度来看，日本的臣服是非常重要的。第三，元军征服朝鲜半岛后，高丽“三别抄”军发动起义，寻求日本的支持，忽必烈感到镰仓幕府对自己的威胁。
1275年，元军首次进攻日本，元军选择的进攻地点是最近的北九州地区。
日本和朝鲜半岛之间的门户对马岛首先受到攻击。农历十月初三，元军从朝鲜半岛合浦，即现镇海湾马山浦悄然出击，六日凌晨突然出现，成功登陆马岛。元军全歼岛上日守军，攻占对马岛。随后，14日对一岐岛发动攻击，战火开始烧近日本本土。16、172日，元军开始攻击日本，在九州松浦、平户等地进行多点攻击性登陆。博多湾发生了两军在这场战役中最大的决战。这场战争，十万日军全军崩溃，放弃博多等地，逃往北九州首府太宰府。
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战争的转折点不经意间出现了。元军在追击日军时有些得意忘形，实际指挥前方作战的左副元帅刘复亨曾在阵前脱颖而出。日军将军少两资景是神箭手。看到这一幕，他转身用箭射伤了他。
虽然进展顺利，但由于教练受伤，元军决定停止追击，撤回船上休息，第二天再次进攻。元军没有看到日本军队的战斗力。他们没想到这一次，他们再也回不来了。那天晚上，北九州碰巧遭到了台风的袭击。经过一夜的等待，第二天早上，日本人惊讶地发现海上连元军的船都不见了。
第一次东征日本，元军因大风造成大量船舶失事，据说溺水失踪1300多人，损失惨重，被迫暂停
镰仓幕府觉得双方矛盾无法调和，态度非常强硬，在1275年和1279年两次杀死了忽必烈的使臣杜世忠和周福。蒙古贵族的上层对此极为愤怒，忽必烈于1281年第二次出兵讨伐日本，以维护自己的权威。这一次，忽必烈派兵约15万人，是当时世界上前所未有的大型舰队。然而，这场战斗的进展比第一次要困难得多。元军分两条路，主力江南军约10万人因各种原因直到7月才到达日本海岸，而东路军约5万人则沿着旧路再次登陆北九州。由于日本沿海防御工事的阻碍，分散兵力的元军花了很多时间寻找登陆点。登陆后，被已经准备好、装备训练大大提高的日军截击。伤亡大，疫情横行，元军前进非常缓慢。
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农历7月30日，在海上徘徊了很长时间的元军再次遭遇台风，这一次损失更加严重。特别是由于战舰质量差，迟到的江南军几乎全军覆没，东路军损失几乎达到70%。元朝的第二次日本讨论再次失败。
后来，忽必烈虽然计划第三次征讨，但由于形势有限，最终没有实施。