苗族医学起源早。苗族民间有“千年苗医，万年苗药”之说，苗族医学很早就看到了历史。西汉刘向在说苑‧辨物中说：“我闻古为医者称苗父。苗父之为医，以营为席，以刍为狗，北方祝福，十言耳。诸扶之而来者，举而来者，都平静如故。谁是“苗父”？有学者认为:“刘翔《说园》说古代有人叫苗父...这个苗父是黎族和苗族的巫师(巫医)。巫师主要祈祷禁咒，但逐渐使用一些酒、草等药物。”(《中国通史简编》)。
一些学者认为，汉族文献中记载的苗父是苗族传说中的“药王”。湘黔交界处的苗族人说，药王是一个透明的神，像玻璃一样，有翅膀可以飞。他不怕困难和障碍，戴月为人民“岔税岔嘎”(东方苗语是“找药方”)。这个传说广为流传。苗族东西部地区有“一个药王，身在八方；3000种苗药，800种单方面”的歌谣。到目前为止，黔西南州安龙、贞丰、青龙等地的苗医也非常崇敬“药王”。如果他们在行医过程中治愈疾病，他们应该通过杀鸡祭祖来祭拜“药王”。这一传说与《淮南子》记载的“神农尝百草”的传说非常相似，《山海经》云：“黑水之北，有人有翼，叫苗民。其中“有翅”和“有翅”、“透明”的传说是神话时代苗族祖先的特征，说明苗族医学起源于古代神话时代。
由于苗族本身没有自己的民族文字和历史记录，其医学起源难以验证，但从许多其他文献、传说和古歌中仍可以看出其具体情况。其特点是起源早，历史悠久；其次，它起源于苗族人民的生产和生活实践。苗族生活在药物资源丰富的地区，对植物的知识和药用价值有了较早的了解和掌握。到目前为止，在苗族地区，几乎每个人都可以知道和掌握几种甚至几十种药物治疗方法。在一些地方，每个家庭都在院子前后种植一些常用药物，形成了人们应用草药的一个非常普遍的特点。它被称为“所有的草都是药，每个人都会治疗”。历史上，楚国巫师经常用苗药作为巫师.
《楚辞》中有许多被称为“苗药”的记忆、“菖蒲”和“泽兰”，长沙马王堆一、二号汉墓以“泽兰”为殉葬品，说明苗药历史悠久，应用广泛。汉武帝时，唐蒙在南越吃枸酱，问从何而来，说:“道西北(yangke江)”(史记‧西南夷列传)，即古夜郎境内，《兴仁县志》载：“山产萎(草头加弱)，花如流藤，叶如胡椒，子如桑椹。苗家沥其油，酱汁，味道也很香。取其叶，裹槟榔食之，谓可辟瘴，苗女持礼所欢，以为异品。”
兴仁在古夜郎境内，从上述记载可以看出，苗族开发植物资源作为食品药品有着悠久的历史。