长期以来，统治阶级压迫下的奴隶们纷纷起义，宗教力量逐渐衰落。西藏高原出现了王室分离的局面。这种纠纷持续了三四百年。
在这些分裂的王族中，只有四个王族势力较大，即前藏的拉萨王系、后藏的亚泽王系、山南的雅隆觉王系、阿里和拉达克的阿里王系，其中阿里王系势力最强，因此这一时期也被称为阿里王朝。
阿里王朝由达磨赞普的曾孙赤吉德尼玛贡创立。到1038年，由于政治相对稳定，尼玛贡的接班人和古格王志光派人到盂加拉聘请高僧阿迪夏迪巴卡拉传法。后者于1042年抵达西藏。他是一位佛教高级僧侣。当然，他对天竺古代医学有着深刻的理解。虽然他到达阿里时年复一年，但他仍在努力弘扬佛教，使佛教理论系统化、规范化，被誉为“佛尊”。佛教再次繁荣，是西藏古代佛教的“后弘期”。
这样过了相当一段时间，到了13世纪初，萨迪地区的政权变得强大起来。此时，蒙古族统治的元朝已在中原建立，元太宗窝阔台派次子阔端西征。萨迦花教主贡丽坚代表西藏势力与阔端会面，表示愿意归顺。1270年，元世祖在北京会见了萨选教主八思巴(1235-1280)，并将他封为“大室法王”，并将当时全藏13万户归他所辖，这是萨迦王朝，这是西藏正式归中国统一地图的开始。八思巴为维护祖国统一、繁荣经济、稳定政治形势、发展西藏文化做出了巨大贡献。
公元1354年，山南帕姆竹万户长练丘坚赞(1302-1364)起兵，推翻了萨迦王朝的统治，建立了一个政教合一、白教合一的帕姆竹王朝，得到了明朝的认可和封存。第五代法王扎巴坚参时，宗喀巴创立了黄教，得到了法王的赞扬。明朝初建时，采取怀柔政策，与边疆各民族和平相处。西藏西卡封建庄园广泛设立。这说明西藏社会已经从奴隶制进入封建农奴制。这些在保证西藏的政治稳定、经济繁荣和文化发展方面发挥了一定的作用。
在这样一个政权变化频繁的社会，人们很难稳定地从事专业研究，因此不容易出现吐蕃前一阶段划时代的经典。然而，这种情况在医学中也有另一个积极的作用，即不同环境下的医学家会提出不同的观点，相互竞争，从而进一步促进学术的繁荣和进步。
阿迪夏来到阿里王朝后，他进一步带来了古印度的医学。首先，我编译了一些医学，包括头部伤的固定治疗、《壮阳补精甘露秘方》。此外，他还带来了印度吠陀寿命医学的重要医学《八药方》及其注释本《月光》，进一步促进了藏印医学的交流。
以朗杰札桑(1394-1475)为代表的北方学派。他出生在昂仁县。他系统地学习了佛教、语言、文学、天文学、历算和医学。他以拜珀东乔勒朗杰和班钦纳吉仁钦为老师。他被明朝授予大司徒称号。他特别精通医学。他做了很多医学工作，包括《八集如意珠宝》，共120卷，注释《本论注议义明灯》和《注释甘露河》、《小疏义显》、《后论释难万想如意》、《医学宝盒》、“词意显明”等。此外，他还有一些短篇医论，如《三百六十种医法辨析》、《医学基本续明灯》、《九绝疲分辨》、《奇幻公式书信》、“医生问答狮戏”等等。此外，他还有一些短篇医论，如《三百六十种医法辨析》、《医学基本续明灯》、《九绝疲分辨》、《奇幻公式书信》、医生问答狮戏等等。在这些医学中，他根据经典作品的教诲，通过自己的实践，做出了个人的发挥，创造了许多新的处方。他还根据北方自然条件、气候、地形和特殊生活方式的特点，总结和区分药物的经验，特别擅长使用温热药物治疗北方的一些常见疾病，包括风湿病引起的风湿病。也擅长艾灸和放血。
南方学派的出现略晚于北方学派。他的代表人物是舒卡年姆尼多吉。他1439年出生于前藏塔波拉妥舒卡，也被称为达磨沙米底欧但吉。他的父亲是一名医生。除了学习家庭传播的医学知识和经验外，他还从汀顿旺丘桑布、阿旺扎巴等人那里学习医学和五明。当时他才10岁。14岁时，他与北方学校著名医生弥易尼玛互相学习，讨论医学问题。据说他在16岁左右就学会了一些东西，成为了一个“千万舍利”，这意味着他以一个舍利公式和数千万个重要的医学问题而出名。之后，又陆续成为《四部医典广注水晶彩信》、四部医典问难银镜、《格言阳光》、《自他皆益的教诲》等等。他曾经和山南塔贡的涅、洛、恰、埃、娘、工布的医生在一起，对自己的珍宝药物形态进行了识别、《药昧铁发》、《甘露池》、甘露库等待作品中的药物，讲解和讨论性味、功效、本质、主治病证、功能等，使该地区的医学前所未有地繁荣起来。
总之，年姆尼多吉成立南方学派后，人才辈出，尤其是对《四部医典》的研究，有着深厚的经验和发挥。除了这两所学校，藏区还有其他一些学术流派。比如宗教派的萨迦派、噶举派、格鲁派，也有很多名医，比如察瓦宫却嘉、葛玛让穷多吉等等，都有自己的作品。吉扎巴(公元1595-1659)出生于藏历第10个木羊周围的直贡，继承了南方学派各师长的遗训，刻苦练习技术，用《四部医典笔记》和《言教美饰》讨论了100个固定对策。、珍宝大黑丸记录《贤者欢喜》、治疗风湿病的《保命救命》、《秘密管引》等治疗水肿的配方有25种，已成为直贡学派。